第359章（2 / 2）

AFLP分析中为什么要进行连续2次PCR扩增？

通过两步扩增反应使产生的扩增结果更清楚、重复性更好

SSR标记的基本原理及建立SSR标记的一般程序。

基本原理：由于基因组中某一特定微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼两端互补序列人工合成引物，通过PCR反应扩增微卫星片段。由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用PCR扩增处不同长度的产物，将扩增产物进行电泳，不同个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这又被称为简单序列重复长度多态性（SSLP）

程序：（1）建立基因组DNA文库

根据得到的SSR类型设计并合成寡聚核苷酸探针，通过菌落杂交筛选所需重组克隆

对阳性克隆DNA插入序列测序

根据SSR两侧序列设计并合成引物

以待研究的植物DNA为模板，用合成的引物进行PCR扩增反应

高浓度琼脂糖凝胶、非变性或变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测其多态性

如何将一个RAPD或SSR分析产生的片段转化成SCAR（序列特异扩增区域）标记？

（1）对基因组DNA作RAPD分析后，将目标RAPD片段进行克隆并对其末端测序

（2）根据RAPD片段两端序列设计特定引物（18～24bp），一般引物前10个碱基应包括原来的RAPD扩增所用的引物

（3）以合成引物对基因组DNA进行PCR特异扩增

9、酶切扩增多态性序列（CAPS）是如何产生的？进行CAPS分析的基本程序是什么？

将PCR-扩增的DNA片段用限制性内切核酸酶切割，凝胶电泳分离酶切片段，从而得到限制

性片段长度多态性

程序：（1）利用特定引物进行PCR扩增

（2）将PCR扩增产物用限制性内切核酸酶酶切

（3）琼脂糖凝胶电泳将酶切产物DNA片段分开

（4）溴化乙锭（EB）染色，观察片段长度多态性

10、何为单核苷酸多态性（SNP）？SNP的来源有哪些？与其他分子标记相比，SNP有何特点？

概念：指不同个体基因组DNA序列之间单个核苷酸的变异。它又被称为第三代新型多态性标记

SNP的来源：单碱基的转换、颠换以及单碱基的插入缺失

特点：（1）双等位型标记:单碱基替换包括：1个转换：CT（GA）和3个颠换CA（GT）、CG（GC）、AT（TA）（括号中是互补链，斜杠的左右表示同源染色体）

（2）在DNA分子分布不均匀：多在CpG甲基化位点发生CT转换

（3）密度高，多态性极其丰富。在人类基因组中，每1.3kb就有一个SNP。

（4）具有遗传稳定性基于单核苷酸的突变，突变率为10-9，与SSR多态性相比，具有更高的遗传稳定性

（5）SNPs的检测和分析易实现自动化。如应用DNA芯片技术，可实现大规模、自动化分析检测

11、简述构建遗传图谱的依据。

同源染色体减数分裂过程中会发生交换，交换的结果便使染色体上的基因发生重组，两个基因之间发生重组的频率取决于它们之间的相对距离。因此，只要准确地估计出交换值，进而确定基因在染色体上的相对位置就可绘制连锁遗传图

分子遗传图谱构建的包括哪些主要环节？

（1）选择适合绘图的分子标记，根据遗传材料之间的多态性确定亲本组合

（2）建立作图群体，即具有大量分子标记处于分离状态的分离群体或衍生系

（3）群体中不同植株或品系的标记基因型的分析

（4）利用计算机程序建立标记之间的连锁关系